จากเหตุอุทกภัยในประเทศไทย พ.ศ. 2554 เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2554 น้ำจากแม่น้ำเจ้าพระยาได้เข้าท่วมบ้านเรือนราษฎรหลังวัดไชยวัฒนาราม ระดับน้ำสูงกว่า 2 เมตร ซึ่งจากการตรวจสอบเมื่อวันที่ 4 ตุลาคม พบว่า โบราณสถานในเขตเกาะเมืองได้รับความเสียหายเกือบทั้งหมดแล้ว ด้านกรมศิลปากรเตรียมบูรณะ คาดใช้งบไม่ต่ำกว่า 200 ล้านบาท[4]